Si bien las auditorías más frecuentes se realizan en sociedades mercantiles, también es habitual llevar a cabo auditorías en fundaciones y asociaciones, tanto de ámbito estatal como autonómico. En el caso de las fundaciones, la auditoría puede ser de carácter obligatorio, cuando la ley establece ciertos umbrales, o voluntaria, con el objetivo de reforzar la transparencia y la confianza frente a terceros.